Apakah fail Protein Data Bank (PDB)? Bagaimana untuk membuka dan melihatnya dalam Windows 11?

Fail bank data protein (PDB) ialah format fail yang digunakan untuk menyimpan data biologi tiga dimensi. Fail PDB biasanya digunakan untuk menyimpan data tentang protein, asid nukleik dan biomolekul lain. Fail PDB boleh dilihat dalam pelbagai cara, termasuk melalui perisian seperti PyMOL dan VMD. Dalam Windows 11, anda boleh membuka fail PDB dengan pergi ke File Explorer, klik pada tab View, dan kemudian pilih pilihan untuk menunjukkan fail dan folder tersembunyi. Sebaik sahaja anda telah melakukan ini, anda sepatutnya dapat mencari fail PDB yang anda ingin lihat. Fail PDB ialah alat penting untuk saintis yang bekerja dengan biomolekul, kerana ia membenarkan visualisasi dan analisis data dalam tiga dimensi. Oleh itu, memahami cara membuka dan melihat fail PDB merupakan kemahiran penting bagi sesiapa yang bekerja dalam bidang bioinformatik atau biologi pengiraan.

Fail Bank Data Protein (PDB). ialah fail molekul tiga dimensi yang menyimpan struktur molekul. Sekarang, jika anda tertanya-tanya bagaimana untuk membuka fail sedemikian pada PC, siaran ini akan menarik minat anda. Di sini kita akan membincangkan fail PDB secara terperinci dan cara melihat fail tersebut dalam Windows 11/10. Jadi, tanpa berlengah lagi, jom semak!

Apakah fail Protein Data Bank (PDB)?

Bank Data Protein (PDB) ialah pangkalan data data struktur 3D untuk protein, asid nukleik dan molekul besar lain. Fail daripada KDNK Sambungan fail pada asasnya ialah fail yang mengandungi data yang berkaitan dengan struktur molekul biologi 3D. Data termasuk koordinat atom, struktur atom, ketersambungan atom, struktur protein, struktur asid nukleik dan banyak lagi. Ia juga mengandungi metadata percubaan.

Format fail ini digunakan secara meluas dalam bioinformatik untuk menukar koordinat protein. Ia mengandungi beribu-ribu baris yang menerangkan struktur protein. Sekarang, jika anda ingin membaca atau melihat fail PDB pada PC Windows, anda perlu menggunakan alat pihak ketiga khusus kerana tiada aplikasi asli untuk itu. Dalam siaran ini, kami akan membincangkan cara yang berbeza untuk melihat fail PDB dalam Windows 11/10.

Bagaimana untuk melihat fail Protein Data Bank (PDB) dalam Windows 11?

Terdapat dua cara untuk melihat fail Protein Data Bank (PDB) dalam Windows 11/10, iaitu:

1. Gunakan perisian percuma untuk melihat fail PDB.
2. Cuba alat dalam talian percuma untuk membaca fail PDB.

1] Gunakan perisian percuma untuk melihat fail PDB.

Anda boleh menggunakan perisian Windows pihak ketiga yang membolehkan anda membuka dan melihat fail PDB. Terdapat beberapa aplikasi desktop percuma tersedia untuk Windows yang boleh anda cuba. Berikut adalah beberapa yang baik yang boleh anda gunakan:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekul
• RasMol

A] IKmol

IQmol ialah editor molekul dan perisian visualisasi sumber terbuka dan percuma untuk Windows 11/10. Menggunakannya, anda boleh melihat PDB serta pelbagai fail molekul 3D lain seperti MOL, SMI, CUBE, XYZ, dll. Dalam perisian ini, anda boleh menemui semua alat visualisasi molekul yang penting. Alat ini terdiri daripada asas hingga lanjutan. Selain melihat fail PDB, anda juga boleh mengedit struktur molekul.

Ia membolehkan anda membuka berbilang fail PDB pada masa yang sama dan melihat semuanya pada masa yang sama. Dalam panel Model View, anda boleh mendayakan atau melumpuhkan pemaparan satu atau lebih fail PDB.

Ciri-ciri utama IQmol:

Ciri pemapar fail PDB sumber terbuka dan percuma ini yang boleh anda lihat ialah:

• Anda boleh menemui semua alat penyemakan imbas fail standard, termasuk zum masuk/zum keluar (dengan roda tetikus), sorot, putar, skrin penuh, tetapan semula paparan, tunjukkan paksi, dsb.
• Ia membolehkan anda menyesuaikan penampilan model dengan mengedit parameter seperti shader, cahaya ambien, resapan, kekuatan kabus, sorotan, keamatan hingar, parameter POV-Ray, dsb.
• Anda juga boleh menambah label atom seperti jisim atom, cas separa, NMR, ketumpatan putaran, dsb.
• Ini membolehkan anda menyesuaikan tetapan kamera mengikut keinginan anda. Anda boleh melaraskan unjuran kamera, kedudukan, dsb.
• mempunyai kemudahan Putaran automatik fungsi yang membolehkan anda memutar model molekul secara automatik.
• Anda boleh menyimpan perwakilan struktur protein semasa dalam format imej seperti PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, dsb.
• Ia juga membolehkan anda menukar PDB kepada fail molekul lain menggunakan ciri 'Save As'. Format output yang disokong: XYZ, MOL, MOL2, CML, dsb.
• Anda juga boleh menggunakannya Pengiraan fungsi untuk mengira tenaga struktur molekul, daya, imbasan PES, keadaan peralihan, anjakan kimia, geometri, tenaga penguraian, pembetulan BSSE, dan sebagainya.

Selain fungsi melihat, anda mendapat menu Bina khas dengan set fungsi pembinaan molekul. Ciri-ciri ini termasuk menambah atom baharu, memasukkan molekul baharu, meminimumkan struktur, menetapkan isotop dan banyak lagi.

Ini adalah perisian pemodelan molekul yang sangat bagus yang anda boleh memvisualisasikan fail Protein Data Bank pada PC anda. Jika anda suka, muat turun dari sini .

Lihat: Chem4Word ialah add-in kimia untuk Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer ialah pemapar fail PDB percuma khas untuk Windows 11/10. Ia membolehkan anda memvisualisasikan dan menganalisis beberapa struktur protein secara serentak. Anda boleh menganalisis struktur protein, struktur DNA, dsb. yang terkandung dalam fail PDB. Selain daripada fail PDB, ia juga membolehkan anda membuka dan melihat fail MOL dan MMCIF.

Apabila anda membuka fail PDB, paparan 3D dipaparkan pada antara muka bersama-sama dengan tetingkap panel kawalan. Panel kawalan mengandungi maklumat am, senarai dan tajuk fail. Anda boleh dengan mudah menggerakkan struktur, memutarnya, zum masuk/keluar, dsb.

Ia juga membolehkan anda menunjukkan atau menyembunyikan permukaan titik, tapak, ikatan hidrogen, vektor daya dan banyak lagi mengikut pilihan anda. Anda juga boleh menyerlahkan bahagian yang berbeza dengan skema warna yang berbeza untuk menganalisis struktur dengan lebih baik. Selain itu, anda boleh menggunakan ciri paparan seperti Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels dan banyak lagi.

Selain alat visualisasi, anda juga mendapat banyak ciri pemodelan molekul. Selain itu, ia juga menampilkan pengiraan tenaga, pengiraan ikatan H, analisis domain, pengesanan domain, penciptaan motif 3D, pembinaan simetri kristalografi dan alatan lain.

Anda boleh memuat turun dari Laman rasmi .

Baca: Perisian analisis kuasa percuma terbaik untuk Windows 11/10.

C] QMol

Cumol ialah satu lagi pemapar PDB percuma untuk Windows 11/10. Ia adalah alat visualisasi struktur makromolekul yang mana anda boleh melihat fail PDB. Fail lain yang boleh anda buka dan lihat di dalamnya ialah DX, MAP, MTZ, CNS, dsb.

Ia membolehkan anda menukar antara pandangan perspektif dan ortografik, memutar model, zum masuk/keluar, dsb. Anda boleh memaparkan model menggunakan POV-Ray dan kaedah rendering animasinya. Struktur yang diberikan boleh disimpan dalam format PNG. Alat pengukur juga tersedia yang membolehkan anda mengukur jarak, sudut dan pusingan dalam model.

Anda juga boleh mencari beberapa alat tambahan untuk menganalisis struktur protein dengan lebih lanjut. Alat ini termasuk Superposisi molekul, pemotong permukaan Mol, penjanaan permukaan Mol, editor ikatan Mol, analisis interaksi, animasi Mol morph, dan sebagainya.

Ia adalah perisian yang baik untuk menggambarkan dan menganalisis struktur protein yang terdapat dalam fail PDB.

Lihat: Pilihan .LIT # Bagaimana untuk menukar LIT kepada EPUB atau MOBI pada Windows?

perisian sandaran e-mel

D] Molekul

Perisian pemapar PDB seterusnya dalam senarai ini ialah Molekel. Ini adalah perisian visualisasi molekul yang agak lama tetapi berkuasa yang membolehkan anda membuka dan melihat fail PDB. Anda boleh menemui banyak alat visualisasi dan analisis molekul yang membolehkan anda menganalisis struktur protein.

Ia membolehkan anda menyesuaikan paparan molekul, atom, ikatan, sisa, dsb. Anda boleh memilih jenis paparan yang berbeza untuk setiap daripadanya, seperti Ball & Stick, CPK, Hemisfera, SoSphere, Sfera Penuh, Silinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape, dsb. Selain itu, anda boleh melaraskan sifat paparan 3D, tunjukkan/sembunyikan kotak sempadan, gunakan shader, dsb. Ia membolehkan anda melihat fail PDB dengan menukar ketumpatan elektron permukaan struktur dan menambah permukaan yang tersedia untuk pelarut, kepada struktur.

awak boleh cari Animasi fungsi di dalamnya untuk memainkan animasi struktur molekul. Ia juga mempunyai menu 'Analisis' khas dengan alat yang sesuai. Menggunakan alat analisis, anda boleh menentukan data grid, ketumpatan putaran, potensi elektrostatik molekul, spektrum pelepasan, jarak, sudut dan banyak lagi untuk struktur.

Ia juga membolehkan anda menukar fail PDB kepada pelbagai format fail. Format ini termasuk PDF, PS, EPS dan Imej. Jika anda suka anda boleh mendapatkannya Di sini .

Baca: Apl Anatomi Lengkap ialah muat turun yang layak untuk Windows. .

E] Rasmol

Anda juga boleh menggunakan RasMol untuk melihat fail PDB pada Windows 11/10. Ia adalah perisian percuma dan sumber terbuka yang membolehkan anda memvisualisasikan dan menganalisis struktur molekul. Ia juga menyokong membuka dan melihat fail lain seperti MOL, XYZ, CIF, MOPAC, dll.

Ia membolehkan anda melihat struktur sebagai bingkai, meledingkan, rod, reben, helai, dll. Anda juga boleh menyerlahkan bahagian struktur yang berbeza dengan warna yang berbeza. Ia juga membolehkan anda menunjukkan atau menyembunyikan atom hidrogen, heteroatom, bayang-bayang, label, dsb. mengikut pilihan anda. Anda juga boleh mengukur jarak, kilasan, sudut dan nilai lain dalam struktur.

Perisian ini tersedia Di sini .

Lihat: Perisian Anatomi Manusia 3D Percuma Terbaik untuk Windows.

2] Cuba alat dalam talian percuma untuk membaca fail PDB.

Anda juga boleh menggunakan alat dalam talian percuma untuk membuka dan melihat fail PDB. Apa yang anda perlu lakukan ialah membuka laman web dalam pelayar web dan memuat turun fail PDB untuk melihatnya. Berikut ialah beberapa penonton PDB dalam talian percuma yang boleh anda cuba:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

windows tidak dapat memulakan perkhidmatan dasar diagnostik

Anda boleh menggunakan alat dalam talian percuma yang dipanggil RCSB PDB ini untuk menggambarkan fail Protein Data Bank. Ia membolehkan anda mengimport fail PDB dan kemudian memvisualisasikan dan menganalisis struktur molekulnya.

Anda boleh menemui beberapa ciri visualisasi asas seperti zum, putar, togol paparan port lanjutan, tetapan semula kamera, togol mod pemilihan, dll. Ia juga membolehkan anda melaraskan beberapa tetapan atau pilihan kawalan seperti mod kamera (perspektif atau ortografik), warna latar belakang, hidup /mati. lumpuhkan oklusi, dayakan/lumpuhkan kabus, keratan, lokasi, dsb.

Ia datang dengan Bernyawa fungsi. Menggunakan ini, anda boleh memutar struktur protein secara automatik. Dengan ini, anda boleh melaraskan kelajuan dan sudut putaran. Anda juga mendapat yang berdedikasi Pengukuran alat di dalamnya. Menggunakan alat ini, anda boleh mengetahui berbilang nilai seperti jarak, orientasi, sudut dan banyak lagi.

Selain daripada ciri ini, beberapa alatan berguna lain tersedia: carian motif struktur, penambahan komponen, eksport animasi, eksport geometri (STL, OBJ, dll.) dan eksport model.

Secara keseluruhannya, ini adalah pemapar PDB dalam talian percuma yang sangat bagus dengan set alat visualisasi yang hebat. Anda boleh cuba Di sini .

B] Molsoft

Molsoft ialah satu lagi alat dalam talian yang boleh digunakan untuk menggambarkan struktur PDB. Ini ialah pemapar fail PDB yang mudah dengan ciri asas. Pertama, bukanya laman web dan klik pada pilihan menu tiga lorong. Selepas itu, pilih pilihan 'Buka' untuk mengimport fail PDB yang disimpan setempat atau memuat naik fail daripada Google Drive anda. Apabila anda memilih fail, ia akan menunjukkan kepada anda struktur molekul dalam pemapar.

Anda boleh menggunakan mod paparan yang berbeza untuk menggambarkan struktur. Pandangan ini termasuk rangka wayar, kreatin fosfokinase (CPK), bola dan batang, reben dan banyak lagi. Anda boleh menukar antara mod paparan ini dengan mudah untuk memenuhi keperluan anda. Selain itu, ia membolehkan anda mendayakan atau melumpuhkan label atom, label sisa, ikatan hidrogen dan tapak untuk pemahaman yang lebih baik tentang struktur.

Ia juga menyediakan alat pengukuran. Anda boleh mengukur jarak, sudut rata dan sudut pusing dalam model. Di samping itu, fungsi Warna mengikut fungsi tersedia, yang membolehkan anda mewarna struktur mengikut jenis atom, rantai, penjajaran, struktur sekunder, dsb.

Ini adalah satu lagi pemapar fail PDB dalam talian yang bagus yang boleh anda cuba secara percuma.

Bagaimana untuk memuat turun fail PDB dari Bank Data Protein?

Untuk memuat turun fail PDB daripada Bank Data Protein, anda boleh melawati laman web Bank Data Protein, masukkan dan cari nama protein atau makromolekul, seperti hemoglobin manusia, kitinase, dll. Kemudian pilih fail daripada hasil carian dan gunakan pilihan muat turun untuk memuat turun fail PDB. Semudah itu.

Bagaimana untuk melihat struktur PDB?

Struktur molekul PDB boleh dilihat menggunakan alat dalam talian khusus atau aplikasi perisian. Anda boleh mencuba perisian percuma seperti IQmol, Swiss-PdbViewer dan CueMol untuk menggambarkan dan menganalisis struktur PDB pada PC anda. Jika anda lebih suka menggunakan alat dalam talian, terdapat banyak pilihan. Contohnya, cuba perkhidmatan web seperti RCSB PDB dan Molsoft. Ini adalah penonton fail PDB dalam talian percuma yang menyediakan alat visualisasi dan analisis molekul lanjutan.

Bagaimana untuk menukar fail PDB ke PDF?

Untuk menukar fail PDB kepada PDF, anda boleh menggunakan aplikasi desktop percuma yang dipanggil Molekel. Ia menyediakan pilihan 'Simpan ke PDF' khas yang membolehkan anda menukar fail PDB kepada format PDF. Anda boleh membuka fail PDB dan kemudian klik 'Fail' > 'Simpan ke PDF' untuk menukar PDB kepada PDF. Kami telah membincangkan perisian ini secara terperinci dalam siaran ini, semak di atas.

Itu sahaja.

Sekarang baca: Perisian Pemodelan Molekul Percuma Terbaik untuk Windows.